Вот этот вариант, точно работает, но у меня из-за оптимизации движка с ним тоже проблемы...
Решил в общем не париться, сделать как вы посоветовали в самом начале DirectoryIndex index.php + изменил ссылку в логотипе с a href={U_INDEX} на a href="http://mysite.ru/forum/".
Осталось только отредактировать ссылку("Список форумов") в navigationbar в хеадере и футере: